从前，有个顽皮捣蛋的男孩尼尔斯独自坐在家中看书，发现了突然出现的小狐仙后，给了小狐仙一个恶作剧，结果被小狐仙施了魔法，变成了一个拇指大的小人，还能听懂动物的语言。随后，他想找小狐仙道歉，让自己变回原来的模样，便向家里的动物寻求帮助。可是因为尼尔斯以前经常欺负他们，所以动物们都幸灾乐祸，不愿意帮助他。后来他为了不让雄鹅和大雁们一起飞走，便扒住了雄鹅，可谁知自己也被雄鹅带得飞上了天空。
听说50，后来大爷们发现了尼尔斯，并要求尼尔斯马上离开。好在雄鹅莫顿帮他求情。因此，尼尔斯很不爽。后来，狐狸捉住了一只大雁。你而是为了证明自己，便用尽全力追上狐狸，救出了大雁，并将狐狸耍得团团转，获得了大雁们的认可。随后尼尔斯还帮助灰老鼠守住了家园，深受动物们的信任和喜爱。
后来，大雁门偶遇山羊，山羊向大雁们诉说了当前的困境：在晚上，有的时候讨厌的狐狸会来骚扰他们。后来，在尼尔斯的帮助下，雄山羊狠狠教训了可恶的狐狸。接着，大雁们继续飞行，在一个叫索耐尔布的地方，尼尔斯被一群残暴的乌鸦抓了。原来，这都是那只狐狸斯米尔搞的鬼。但是尼尔斯没有屈服，他以迅雷不及掩耳的速度杀死了乌鸦头领。其他的乌鸦正要攻击尼尔斯，你钥匙打开了，装着金币的罐子，把其他乌鸦都吸引了，才得以脱身。再后来，尼尔斯不小心落入熊掌，险些死掉。后来在跟公熊谈判的时候，发现猎人正要向公熊开枪，便赶忙提醒，救了公熊一命。
后来，米尔斯回到了大雁群中继续向北飞。途中，雁群头领阿卡收养了一个悲惨的小雕高而果。渐渐地，高二果已经把自己当成了一只大雁。后来因为其他动物的嘲笑，高尔果非常气愤的离开了雁群。但没多久，高尔果被关进了公园的笼子里，恰巧尼尔斯也在那个公园。后来，用了几天几夜的时间，尼尔斯弄断了笼子，将高儿果救了出来。高尔夫重获自由后，将尼尔斯送回到了雁群中。
可惜，光阴似箭，到了大雁门往回飞的时间了。尼尔斯和熊二也回到了家中。米尔斯的父母发现莫顿回来了，刚好节日也快到了，说要将莫顿拿去杀了。你也是为了救下自己的伙伴，不顾自己还是这副怪样子就冲出去。不过爸爸妈妈一眼就认出了尼尔斯，原来尼尔斯恢复了原样！在此之后，尼尔斯跑去海边，向大雁门告别。
