格列佛是英国伦敦的一名外科医生，对出海航行有一种狂热的向往。1699年的一天，格列佛随同一艘商船前往印度，想实现自己游历的梦想。谁知，船行到半路上，遇到了大风暴，格列佛死里逃生，被冲到了小人国利立浦特。这个国家的国民只有6英寸(约15厘米)高，房屋、树木就像精致的布景。格列佛刚一上岸，就被小人儿们抓起来，献给了国王。为了获得自由，格列佛表现得非常温顺，不断讨好国王，终于获得了释放。
利立浦特国与敌国布莱夫斯库经常发生战争。在一次交战中，格列佛一个人拉回布莱夫斯库的50艘战舰，立了大功。但利立浦特国国王竟想利用格列佛消灭布莱夫斯库，格列佛拒绝了国王的要求，这让国王很不高兴。这时，王后寝宫失火，格列佛在情急之下撒尿灭火，遭到王后的怨恨。于是，利立浦特国君臣准备除掉格列佛。格列佛得到消息，逃到布莱夫斯库，然后乘一条小船返回英国。
从小人国回家后不久，格列佛又出海了。这次，他闯进了巨人国，那里的每个人都像教堂那么高。格列佛被卖入王宫，受到王后的宠爱。这招致王宫里的侏儒、小狗、猴子甚至黄蜂的嫉妒。最后，格列佛被一只老鹰抛入大海，幸亏遇到了一艘商船，这才捡回了一命。
这些遭遇并没有使格列佛打消出海的念头。不久，他第三次踏上了航程。然而，出发后不久，他们就遇到了海盗。正在危急的时候，一座奇异的飞岛救了格列佛。飞岛上的人相貌奇特，衣饰古怪，整天沉思默想，杞人忧天。而在岛上的科学院里，一群所谓的科学家正在研究那些荒诞不经的课题，致使全国民不聊生。不久，格列佛便离开飞岛，来到巫人岛。在那里，格列佛见到了许多古今中外的鬼魂，发现历史真相全都被那些权贵歪曲了。于是，他又离开了巫人岛。随后，格列佛又游览了好几个奇异的王国，这才返回英国。
在最后一次出海中，格列佛来到慧骃国，也就是马的王国。格列佛发现，那些“慧骃”具备各种美德，而一种类似人类的动物——“野胡”则卑贱、丑陋，是被马豢养的畜生。在这里，格列佛获得了心灵的宁静，一心想留下来。但最后，理性的“慧骃”将他放逐，他不得不返回令他厌恶的人类社会。
