黄龙溪古镇建镇至今已1700多年，历史底蕴深厚，古名“赤水”，又名永兴场。原址在府河东岸的回水境内，明末清初毁于一场大火，故又名”火烧场”，后有贺、乔、唐三姓人家迁到现址建场，逐步发展成今天的规模。
《华阳国志》载录了此地发生在东汉末年的一大自然奇观：“建安二十四年，黄龙见(现)武阳赤水九日”。汉朝时黄龙溪属武阳管，武阳所辖范围大概在今天的新津、彭山沿牧马山一带。
赤水河，就是今天与府河交会的鹿溪河。每遇洪水季节，由于鹿溪河的上游源自龙泉山，流下来的多为山涧溪水，水中裹挟着大量泥沙，水色赤黄;而来自府河的锦江水，源于岷江，清澈透明。当两条江水在今黄龙溪会合时，清、浊二水，泾渭分明。山水借着俯冲之势窜入府河，呈暗流涌动之景象，远看似是一条巨龙潜江泅渡，当地百姓形象地把它描绘为“黄龙渡清江”。久而久之，在代代神话传说的作用下，人们自然而然地便把这引来“黄龙”现身的宝地，称之为黄龙溪。
民国《华阳县志》载：“黄龙所见地，昔属武阳，今属治境，故溪以是名矣。”
又据《仁寿县志》载：“赤水与锦汇流，溪水褐，江水清”，古人谓之：“黄龙渡清江，真龙内中藏”，《隶读》著录《黄龙甘露碑》记云：“黄龙见武阳事，筑一鼎，象龙形、沉水中……故名曰：“黄龙溪”。汉时武阳兼新津彭山之地，东县(华县)东南接壤，仁寿也像龙牙，黄龙所春之地，著属武阳，公属治境，故溪以是名矣，故名曰“黄龙溪”。
秦汉时代，黄龙溪镇属于犍为郡武阳县(今彭山区)。
宋代，黄龙溪镇属于眉州彭山县。元代，彭山县则被撤销，合并到了眉州直辖。
明初，眉州降为眉县，今黄龙溪镇附近地方便归并由仁寿县管辖。《双流县地名录》第184页载，今黄龙溪镇回水村，在明代隶属于仁寿县的顺河乡。
清初，仁寿县属于资州直隶州;仁寿县对于偏在三县交界的这一大片地方,设立了3个乡,“编为东林、顺和、安下上乡”。今天黄龙溪镇及其周边地区同属于东北顺和乡。
清末，黄龙溪复从仁寿县划归成都府华阳县管辖。
