敦煌自古以来就是丝绸之路上的重镇，一度颇为繁华，周边石窟寺亦颇多。除了莫高窟，还有西千佛洞、榆林窟及东千佛洞等，共同组成了敦煌石窟群，其中西千佛洞和东千佛洞通常被看作是莫高窟和榆林窟的分支。西千佛洞位于莫高窟西南30余公里的党河北岸崖壁上，呈东西向排列，全长2.5公里，现存北魏、北周、隋、唐、五代、西夏、元的洞窟22个、壁画约800平方米、彩塑34身，它的洞窟形制、塑像和壁画的题材内容、艺术风格均与莫高窟十分相似，但由于历史上的保护不周，目前残损坍塌较甚。
虽然早在20世纪初就有罗振玉、王国维、刘半农等人在北京、伦敦、巴黎等各地收集、抄录敦煌文献，但对莫高窟的真正保护开始于1940年代。1941年至1943年著名画家张大千对洞窟进行了断代、编号和壁画描摹。1943年，政府将莫高窟收归国有，设立敦煌艺术研究所，由常书鸿任所长，对敦煌诸石窟进行系统性的保护、修复和研究工作。1950年，研究所改名为敦煌文物研究所，依然由常书鸿主持，到1966年以前，已加固了约400个洞窟，抢修了5座唐宋木构窟檐，并将周边10余平方公里划定为保护范围。1984年，中国政府进一步将敦煌文物研究所升格为敦煌研究院，充实了科技力量，开展治沙工程，积极利用数字化技术和其他技术来加强保护工作。由于呼吸产生的二氧化碳对壁画会产生潜在性的破坏，近年造访莫高窟人数增加，因此对日常参观人数应该加以限制。莫高窟堪称世界最大的艺术宝库之一。
据一些古书记载，石窟数量达千余个，至今在敦煌地区的石窟区，至少有莫高窟、西千佛洞石窟、东千佛洞石敦煌莫高窟、榆林窟和五个庙石窟等。单是现存在莫高窟的就有700多个，随著日后考古工作的发掘，数字将不断增加；在这些洞窟中，只是对留有壁画或塑像的洞窟安排编号，目前就已有492个。
现存的492个洞窟中，保存著十六国、北魏、西魏、北周、隋、唐、五代、宋、回纥、西夏、元、清、民国等时期的壁画45.000多平方米，若把这些壁画以一平方米横向排列，长度可达45公里，是一座博大精美、无可比拟的历史画廊，所以人们喜欢把莫高窟比作”墙壁上的图书馆”。在莫高窟的492个洞窟中还保存著历代彩塑3390身，其中圆雕塑像2088身，影塑1302身。以及唐、宋、清、民国等时期的木构建筑10余座。另外，莫高窟曾於1900年发现藏经洞，保存了4至11世纪的佛教经典、经济文书、文学、科技、史地资料以及帛画、纸画、织染刺绣等文物五万余件。
