1.两套税制违反国民待遇原则，不符合世贸规则和国际通行做法。
国民待遇又称无差别待遇，是世界贸易组织最基本的原则，其实质是非歧视原则。它一方面要求在同等条件下，外商所享受的税收待遇不低于本国居民；另一方面外商也不能要求享受任何高于本国国民的税收待遇。从我国目前的情况来看，税收非国民待遇和超国民待遇同时并存。一方面外资企业享受了许多国内企业不能享受的税收待遇；另一方面，由于内外资企业所得税没有统一，外资企业在享受税收优惠待遇的同时，也存在一些非国民待遇，适用于内资企业的某些税收优惠，如福利性、照顾性税收优惠，外资企业不能享受。各国税法一般是以区分居民和非居民来确定不同的纳税义务，而不是以资金来源的不同实行不同的税制，采取不同税收待遇。
2.两套税制违反税负公平原则，不利于企业公平竞争。
外商投资和外国企业法规定，外资企业享有2年免税、3年减半征税、再投资退税等大量的税收优惠政策。而内资企业不能享受同等的税收优惠政策。目前内资企业的实际税负大约为25%，远高于外资企业实际税负大约为15%的水平。这对内资企业是一种极不公平的待遇，特别是我国加入世界贸易组织后，外资将会大量进入我国，使我国内资企业将面临极为不平等的竞争环境，在国内外激烈的市场竞争中处于极为不利的地位，不仅不利于各种类型企业的公平竞争，而且严重影响内资企业和民族工业的生存和发展。
3.两套税制违反税收效率原则，不利于降低费用和提高效益。
一方面，效率原则要求税务机关讲究行政管理效率，尽可能节约税收征管费用，包括节约税务机关的征管费用和纳税人申报交纳的费用。由于实行两套所得税制，有国税、地税两个税务机关、两套税务人马分别征收同一种税，不仅极大地增加了征收成本，而且加大了两个税务机关之间、税务机关与纳税人之间的摩擦和矛盾，降低了征收效率。
另一方面，效率原则要求税收的额外负担最小。所谓额外负担，是指由征税造成的、超过税收成本以外的经济损失。由于实行两套所得税制，不仅导致税收优惠过多过滥，税收收入白白流失，而且因对内外企业的税收待遇不同，背离了税收中性原则，扭曲了市场经济行为，影响了市场经济的运行效率和资源配置的效益。
4.税制不规范既加大了税收征管难度，又影响企业深化改革。
随着经济全球化的发展，资金的流入，流出日趋频繁，资本流动超越国界。中国企业到境外投资再回国内投资和上市筹集境内外资金的现象日益增多，由于两套税制极不规范，不仅愈来愈难以区分“内资”、“外资”企业，而且增多了企业避税的途径和税收流失的漏洞，加大了税收征管的难度，不利于强化税收征管，堵塞收入流失。同时，由于内资企业、外资企业税收待遇不同，税负相差很大，导致企业更多的根据税收待遇选择经营组织形式，不利于企业按现代企业制度要求深化改革。
5.税收待遇不同导致所得税执法不严，税收流失严重。
由于内资企业、外资企业享有不同的税收待遇，使企业之间互相攀比，要求给予更多的税收优惠。加上所得税为中央与地方共享税，受利益驱动和地方保护主义影响，为了吸引外来投资，乱开口子时有发生，许多地方扩大税前列支范围，放宽税收优惠政策，随意减免税现象屡禁不止，这是造成税收优惠过多过滥、税收流失严重的一个重要原因。
为了解决上述问题，我国企业所得税制改革的方向应当是，通过统一所得税法，公平所得税负，规范所得税制，建立和完善既符合国际惯例、又适合我国社会主义市场经济发展的企业所得税制。我们改革企业所得税制总的要求是，遵循WTO规则和国际通行规则，结合中国国情，认真借鉴世界各国的有益经验，以保证我国税制的规范性、科学性。具体地说，所得税制改革应当遵循以下主要原则：
1.按照公平税负原则，统一内外资企业所得税。
公平税负包括两层含义：一是横向公平，即要求具有相同能力的纳税人必须缴纳相同的税，而不再区分纳税人的资金来源、组织形式、经济类型等有何不同；二是纵向公平，即对具有不同的纳税能力的纳税人必须缴纳不同的税，具有较高纳税能力的纳税人必须缴纳较高的税。所得税制缺乏横向公平，主要产生于两套不同的税制和将税收制度用于某些非筹集收入的目的，如以优惠的税率吸引外商来华投资；所得税制缺乏纵向公平，主要产生于税收优惠过多过滥，导致所得税的实际税率与名义税率的差距过大。按照公平原则，必须统一内外资企业所得税制，包括合并内外资企业所得税，调整和统一税前列支项目，调整和统一所得税率，调整和统一税收优惠政策，以取消内外资企业不同的税收待遇，缩小所得税实际税率与名义税率之间的过大差距。
2.按照适度征税原则，适当降低税率、拓宽税基。
适度征税原则是指政府征税，包括税制的建立和税收政策的运用，都要兼顾国家财力的需要和税收负担的可能，做到取之有度。遵循适度原则，要求税收负担适中，税收收入既能满足国家财政支出的正常需要，又能与国民经济发展同步协调，并在此基础上，使社会税收负担尽量从轻。
目前我国内外资企业所得税的法定税率为33%，但对特殊地区和企业，分别实行27%、18%、15%的优惠税率。由于存在较多的税收优惠，实际税负与名义税率的差距较大，内资企业实际税负为25%左右，外资企业实际税负为15%左右。按照适度征税原则，根据世界各国税制改革的发展趋势，考虑到我国周边国家所得税率的情况，从我国的实际需要和可能出发，所得税从33%降到25%左右为宜。同时适当减少税前扣除项目，严格限制费用扣除，将资本利得纳入征税范围，拓宽所得税税基。限制费用扣除的原则：一是与取得收入没有直接联系的；二是收入与费用发生期不配比的；三是交易的目的是避税的；四是税收政策已有规定的。通过上述措施，不仅可以保证国家财政收入发生大幅度变化，而且有利于提高我国企业的国际竞争能力。
3.按照避免重复课税原则，实行归集抵免制，协调好两个所得税。
按现行税法规定，对个人从企业取得的股息、红利征收20%的个人所得税，尽管企业对该项股息、红利已经交纳了企业所得税，但这是对同一所得额征收两种所得税的重复课税。为了解决这个问题，必须协调好两个所得税：一是实行归集抵免制，即将企业分配利润时所缴纳的企业所得税款归属到其股东的股息中，给予股东税收抵免，以消除对股息的双重课税问题。对公司股东分得的股息全部抵免后不再交企业所得税，对个人股东分得的股息在征个人所得税时给予部分抵免，比如，企业所得税的税率为25%，个人所得税为35%，对分得的股息只需补交10%的个人所得税。二是对个人独资企业、合伙企业取得的利润归集到每个合伙个人名下征收个人所得税，对独资企业、合伙企业不再征收企业所得税。三是缩小企业所得税税率和个人所得税最高边际税率之间的差距，搞好两个所得税的协调衔接。
4.按照节约费用原则，改革征管模式，提高征管效率。
1994年以来，我国企业所得税是按照企业的预算级次、投资主体、所有制性质的不同而划分为中央收入和地方收入，并分别由国家税务局和地方税务局征收管理。从2002年起，企业所得税改为中央与地方按比例分享，在保证各地基数的基础上，逐步提高中央在超收部分中的比例。但目前仍有国税局、地税局两套税务机构对同一税源进行征管，这不仅造成税收征管费用的极大浪费，而且加大了两个税务系统的矛盾，降低了征管效率，必须尽快改变这种模式。应当按照节约原则，在统一税基、统一要求的基础上，由国税局或地税局一个税务局系统负责征收管理，由另一个税务局系统负责税收稽查，以尽可能降低缴纳费用，提高征管效率。同时，积极创造条件，努力实现税收征管电子化，尽快做到网上申报、网上计税、网上缴纳。
